PyMOLはPythonで書かれており、Pythonスクリプトを使って色々と操作することが可能です。

PyMOLで色々操作した後でpngで画像を出力することも可能なのですが、さらにその画像に文字を入れたいとします。
そういうときはどうするか？（Pythonはあまり使ったことがないのでイマイチ文法などがわかりません。そのため変なところがあるかも）
こちらを参考にさせていただきました。
サンボマスタージェネレータ

ちなみに、私はMacPortsでPython 2.5をインストールしている状況です。
そのほかに必要なものはPIL (Python Image Library) なのでこれもMacPortsであらかじめインストールしておきます。

#!/opt/local/bin/python2.5
# -*- encoding: utf-8 -*-


import pymol

import ImageDraw, ImageFont, Image


pymol.cmd.load("PDBのファイル名")


png_file_name = "pngファイル名"

pymol.cmd.png(png_file_name)


font_file = "/Library/Fonts/Microsoft/Gill Sans MT.ttf"

font_size = 24

font = ImageFont.truetype(font_file, font_size)


image = Image.open(png_file_name).convert("RGB")


draw = ImageDraw.Draw(image)
draw.text((10, 10), "描画するテキスト", font = font, fill = (255, 255, 255))


image.save(png_file_name)