PyMOLは美しい生体高分子描画ソフトです。
スクリプトを書くことで様々な表現が可能になっています。3次元をより認識しやすいように、分子を回転させたり揺らしたりします。定番のゆらゆら揺れる動画を作るにはどうすればいいかを書きます。
1秒間に60枚のフレームで20度揺らす（レイトレースを使う）。全部で2秒です。
PyMOL> mset 1 x60 PyMOL> util.mrock(1,30,20,1,1) PyMOL> set ray_trace_frames, 1 PyMOL> set cache_frames, 1
わたしはPNGで保存して、QuickTime 7 ProでH.264に変換しています。Mac版のMacPyMOLを使うと一応QuickTimeに保存できるみたいなのですが、わたしはうまくいかなかったのでとりあえずPNGに保存しています。